Po zadnji poledenitvi Ljubljansko barje prekriva jezero, ki ga zaradi številnih najdišč kolišč (V. – II_ tisočletje pr. n. št.), danes poimenujemo kar koliščarsko. Skozi tisočletja se je jezero krčilo, sredi II. tisočletja pr. n. št. pa ostane le še obsežna zamočvirjena ravnica, po kateri se leno vijuga Ljubljanica, kot se še danes vijeta potoka Bistra in Ljubija. Od koliščarjem so nam ostali drevaki s katerim so pluli po jezeru in najstarejše kolo cize, s katerimi so vozili pridelke in ulovljeno divjačino v okolici jezera.

Jazon naj bi se z govorečo ladjo Argo pripeljal do izvira Ljubljanice v Močilniku okrog leta 1222

Nedavno odkrit eden večjih drevakov iz II. stol. pr. n. št., kaže na to, da se po Ljubljanici vozijo že bojno nastrojeni Tavriski

V II. tisočletje pr. n. št. sodi tudi zgodba o Jazonu, ki z Argonavti po Donavi, Savi in Ljubljanici beži pred preganjalci, potem ko v Kolhidi ukrade zlato runo, na Ljubljanskem barju ubije zmaja, ki dobi mesto v ljubljanskem grbu, ustanovi Emono (po grški pokrajini Haemonia), nato pa po Ljubljanici odpluje do Močilnika na Vrhniki, kjer v skali pusti odtis svoje pesti, ko jezno ugotovi, da se tu konča plovna pot. Argonavti prezimijo na Vrhniškem, ustanovijo še Navport (hibridna beseda iz grške nays (ladja) in latinske portus (pristanišče)), potem pa ladjo razstavijo in jo odnesejo do Jadranskega morja.

Ljubljanica postane pomembna plovna reka s prihodom Rimljanov sredi prvega stol. pr. n. št., čeprav nedavno odkritje enega večjih drevakov, 15 metrov dolgega in poldrugi meter širokega iz II. stol. pr. n. št., kaže na to, da se po Ljubljanici vozijo že bojno nastrojeni Tavriski, saj bi z drevakom lahko pot premagovali tja do Fužinskih brzic. Deblak je izdelan zelo kakovostno iz dvestoletnega hrasta, ki je moralo biti zelo lepo in visoko drevo s premerom okoli 1,5 m. Tavriski, ki so bili v stikih z italskimi trgovci, bi tamkajšnjim podjetnikom lahko dopustili, da s takim plovilom plujejo po njihovih vodah, verjetno pa so ga, ob pomoči le-teh, izdelali sami in z njim dodatno služili.

Pretovarjanje blaga v rimskem pristanišču Nauportus (vir: rtvslo.si)

Rimljani zgradijo na desnem bregu Ljubljanice, verjetno kar na pristanišču Tavriskov, o čemer pričajo najdbe iz tega obdobja, naselje Navport. Rimski emporium ali horrea je namenjen pretovarjanju predvsem vojaške opreme za rimske legije, ki so prodirale proti Donavi, z vozov na rečne ladje. O tem pričajo tudi številne najdbe. Že leta 1890 na območju Brezovega loga na vzhodnem delu Ljubljanskega barja (Lipe pri Črni vasi) odkrijejo tovorno ladjo iz I. stol. pr. n. št. Ladja pontonium, simetrične, podolgovato-ovalne oblike s prisekanimi konci, ravnim dnom brez gredlja ter z navzven nagnjenimi nizkimi boki, dolgo 30 m, široko do 4,8 m v visoko 0,6 m je bila zasnovana za plovbo v plitvinah. Leta 2008 v Sinji gorici pri Vrhniki arheologi potapljači odkrijejo pol manjšo rimsko tovorno ladjo z začetka I. stol. n. št. Ladja je podobna prejšnji, pomembna razlika je le v tehniki gradnje – ladja iz Lip je zgrajena s tehniko šivanja, ladja iz Sinje Gorice pa s tehniko spajanja z železnimi spojkami, kar predstavlja manjkajoči člen v raziskavah tehnologije gradnje sredozemskega tipa plovil in razvoja ladjedelništva na splošno. Še eno rimsko ladjo odkrijejo ob drevaku, nahajališču pa sedaj pravimo kar pokopališče ladij.

Z zaključkom okupacijske faze rimske legije v Panoniji in izgradnjo ceste Navport– Emona se pomen vodne poti za rimsko vojsko zmanjša, vendar ne zamre, saj je bilo ob koncu II. stol. ali v II. stol. v Emoni verjetno pristanišče panonske flote, kar dokazuje v Emoni najden nagrobnik vojaka panonskega brodovja, ki ga hrani Narodni muzej Slovenije.